一、热效率方面：可以说两者都差不多，甚至氟循环家用机的热效率略高一些，因为氟循环家用机的换热器直接与水箱中的水进行热交换；而水循环机，需要增加循环泵的用电量，还有连接水箱的水管散热，水泵、水泵连接、水管铜（铁）配件的散热等等（这些散热不要小看，该类散热系数很高的），从而增加保温的用电量。
    当然，除以上产品本身可比性以外，还要考虑各个厂家的技术条件、产品配置方面。各个厂家的产品热效率都不同。
二、质量方面：每个厂家的生产技术、设备、管理、测试、零部件、系统配置等都有差异，故产品质量参差不齐。在这里，单从两个系列产品本身来比较质量方面。首先，氟循环机的技术比较成熟、质量较为稳定，但容易在安装方面出现问题。因为很多经销商在安装这块经验不足，容易造成连接铜管的连接处漏氟，安装时主机高于水箱造成压缩机回油不良现象等等。其次，水循环机方面，因为需要加装循环水泵而存在一个比较大的质量隐患。大家都知道水泵是比较容易出现故障的配件，特别是国产屏蔽水泵，如果用进口威乐RS-15/6屏蔽水泵还好一些。而且连接水泵处容易漏水，另外制冷系统容易出现高压等现象。
三、安装方面：氟循环机安装主机和水箱距离不能超过3米，但安装材料的成本少一些。氟循环机安装位置、距离等方面比较灵活一些，同时也美观一些，但材料多、费用大。
四、维护方面：氟循环机系统比较稳定，配件少、维护费用低；而水循环机的维护费用相对较高，只要是考虑到该系的不稳定性，还要循环水泵这块故障率引起的维护费用。当然有人会说氟循环机的水箱盘管内漏而提高维护成本，这是对的，但目前这种情况比较少，因为现在都有专用的水箱配套厂家，质量有一定保证；况且水循环机同时可能遇到换热器内漏而引起的维修成本。
五、生产成本（只限材料方面）：两者综合比较，同规格（也可以说达到同样效果）的两个产品，水循环机相对高一些，但也不会高出太多。大家都知道，水循环机的主机钣金加大、增加外置换热器和循环水泵，但也省掉水箱中的换热盘管。有内置盘管的承压水箱与没有内置盘管的承压水箱，差价较大。氟循环机内置盘管可以抵消水循环机的钣金加大和外置换热水器的成本。相差的成本最多增加一个水泵的钱。
六、市场销售价方面：氟循环家用机比水循环家用机的售价低一些。
七、大家记住一点：越复杂、功能越多的东西，故障率越高，维修越麻烦；越简单、功能越单一的东西，故障率越低，维修越方便。